BigStitcher: Präzise 3D-Gewebebildgebung für riesige Mikroskopie-Datensätze
Open-Source-Software rekonstruiert Terabyte-Daten wie Google Maps in 3D
Moderne Lichtmikroskopie (Sample Clearing, Expansion Microscopy, Light-Sheet) erzeugt Terabytes an Daten – schwer verarbeitbar. Internationale Forscher entwickelten BigStitcher: automatische Verarbeitung, interaktive 3D-Visualisierung, präzise Ausrichtung, Echtzeit-Fusion.
Leistungsmerkmale
- Interaktive Visualisierung, Zoom auf Einzelstrukturen
- Schnelle, präzise Ausrichtung, Echtzeit-Fusion, Dekonvolution
- Räumlich aufgelöste Qualitätsbewertung von Multi-Tile/Multi-View-Daten
- Verdoppelt Probengröße bei Kompensation optischer Effekte
- Automatisches Management: große Bilder, spärliche Daten, Qualitätskontrolle, interaktive Fusion
Anwendungsbeispiele
- Wo im Gehirn findet Zellteilung statt?
- Wo enden bestimmte neuronale Projektionen?
- Wo wird RNA exprimiert?
Technische Vorteile
- Schlägt existierende Software in Performance, Funktionalität, Interaktion
- Rekonstruktion in zehn Minuten (Standard-PC)
- Unterstützt: Cleared Samples, 2D/3D Confocal, Widefield, Tiled Multi-View Light-Sheet
- In ImgLib implementiert, im Fiji-Framework verteilt
- Open Source, kostenlos auf GitHub
Quelle: Nature Methods | DOI:10.1038/s41592-019-0501-0 | MDC
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